Ekki er vitað hvenær kirkja var fyrst reist á Hvanneyri en elsti máldagi hennar sem varðveist hefur er 748 ára gamall, frá 1257. Hann ver settur kirkjunni af Sigvarði Þéttmarssyni, biskupi í Skálholti. Skv. máldaganum er kirkjan helguð Maríu guðsmóður, Pétri postula og Tómasi erkibiskupi [í Kantaraborg á Englandi] og Marteini biskupi [í Tour í Frakklandi]. Kirkjan á þá land í Tungu og hálft Kirkjuholt og skóg, hálft þriðja kúggildi og 5 hundruð í kirkjuskrúða. Til kirkjunnar liggja bæir allir neðan við Fossa brekkur og greiða til hennar tíund. Prestur skal hafa í kaup frá kirkjunni 4 merkur og borðhald á Hvanneyri. Kirkjan á þá messuföt, kaleik og klukkur fjórar og tjöld um alla kirkju. Þetta hafa verið útsaumaðir reflar sem algengir voru í stafkirkjum og voru teknir fram og tjaldað á veggjum þegar messað var, til prýðis og hátíðarbrigða.
Líklegt verður að telja, að kirkjan hafi verið lítil stafkirkja og hefur staðið í miðjum kirkjugarði svo sem venja var.
Annar máldagi er kirkjunni settur 100 árum seinna, eða 1358, af Gyrði biskupi Ívarssyni. Í honum kemur fram, að kirkjan hefur auðgast töluvert að fasteignum og búnaði á þeim 100 árum sem liðið hafa. Til hennar liggja 8 bæir og 20 greiða henni tíundir og lýsistolla. Biskup ákvarðar að við kirkjuna skuli starfa prestur sem hafi heimili á Hvanneyri. Kirkjan á orðið mikinn bókakost, messuklæði og skrúða ágætan, m.a kantarakápur. Þar er getið um klukkur fjórar og smábjöllur þrjár og þar er minnst á smelltan kross og aðra þrjá.
Smelltir krossar komu aðallega frá Frakklandi og e.t.v. er til á Þjóðminjasafni einmitt leyfar af þessum krossi frá miðöldum. Smellt merki af róðukrossi með mynd dýrðlings fannst á fyrri hluta síðustu aldar þegar gröf var tekin í kirkjugarðinum á Hvanneyri og er að líkindum úr gömlu miðaldakirkjunni.
Þegar fram liðu stundir sat prestur ekki á Hvanneyri heldur á einhverjum öðrum bæ í sókninni, venjulegast á Hesti sem var eign prestakallsins. Það var því svonefnt þingaprestakall - Hestþing. Prestur sat jafnan á Hesti og þar var kirkja fram til 1765 til afnota fyrir heimilisfólk. Þess eru dæmi að prestar í Hestþingum sátu í Bæ, aðrir í Þingnesi og á Bárustöðum. Þar sem presturinn hafði ekki afnot Hvanneyrarjarðarinnar fól það í sér, að hann var heldur ekki ábyrgðarmaður Hvanneyrarkirkju. Það var ábúandinn á Hvanneyrarjörðinni, kirkjubóndinn. Kirkjubyggingin og búnaður kirkjunnar var á hendi hans, enda hafði hann afnot af landi kirkjunnar og kúgildum.
Árið 1858 mun hafa verið endurreist kirkja á Hvanneyri og þótti þá hið vandaðasta hús. Til dæmis um það má vitna í prófastsvisitazíu frá 7. ágúst 1871, en þá var þar á ferð séra Þórarinn Kristjánsson í Reykholti og segir frá því, að í kirkjuna hafi verið settir 8 gluggar. Hann getur þess, að altaristaflan hæfi ekki svo fögru húsi og ríku. Ekki er vitað úr hvaða byggingarefni kirkjan var gjörð, en hún mun hafa verið máluð af Sæmundi bónda Gíslasyni í Þingnesi og Skarði. Ekki er ólóklegt að hún hafi verið áþekkt hús og kirkjan í Saurbæ á Hvalfjarðarströnd sem til er mynd af og birtist í ferðabók Makenzies.
Altaristafla sú sem pófasti þykir ekki hæfa hinni endurreistu Hvanneyrarkirkju var merkisgripur og þætti fengur í að eiga hana nú. Hún var að líkindum ensk að uppruna, gerð af alabastri, máluðu og giltu og vængir tveir sitt hvoru megin við hana sem lokuðu töflunni þegar ekki var messað. Varðveist hefur er lýsing á töflunni eftir séra Jón Backmann sem var prestur í Hestþingum 1812-1832 og sat á Bárustöðum. Hann segir altaristöfluna illa farna, sérstaklega vinstri væng hennar og hafi hún stór látið á sjá þegar kirkjan var endursmíðuð 1819.
[Altarisbrík Hólakirkju og aðrar úr brík Hvk áf Þjóðminjasafni 6 a-d]
Aðeins leyfar eru til á Þjóðmnjasafni af líkneskjum úr töflunni. Hugsanlega hefur taflan verið flutt úr landi skv. áeggjan Steingríms biskups.
Á árunum 1870 -1885 var nokkur hreyfing á því að leggja niður kirkjurnar á Hvanneyri og í Bæ og reisa þess í stað kirkju fyrir báðar sóknirnar á Hesti enda hafði þar löngum staðið kirkja. Þessi samsteypa fékk ekki hljómgrunn í sóknunum en varð sjálfsagt til þess að viðhaldi kirknanna var lítt sinnt á þessum árum og fór svo að þær voru báðar að hruni komnar. Sóknarbörn Bæjarkirkju tóku af skarið og reistu nýja kirkju sem vígð var annan jóladags 1888. Fyrir þetta frumkvæði Bæjarsveitunga fóru Hvanneyringar að hugsa sér til hreyfings, enda kirkja þeirra orðin hrörleg. Hún fékk þó að standa í kirkjugarðinum á meðan ný var reist úr timbri á hólnum vestan við kirkjugarðinn sem nefndur er Kirkjuhóll. Tók sú smíði tvö ár.
Nýja timburkirkjan var vígð á annan jóladag 1893. Fékk gamla kirkjan að standa á sínum stað í kirkjugarðinum enn um stund en var rifin niður sumarið 1896. Haustið eftir vígslu nýju kirkjunnar tekurt séra Guðmundur Helgason prófastur í Reykholti kirkjuna út og er ánægður með húsið, en finnur þó að því, að hvorki sé altaristafla né orgel í kirkjunni. Til er ljósmynd af þessari kirkju og mun vera elsta ljósmynd sem varðveist hefur frá Hvanneyri, tekin líklega 1896 eða 1897 á sumardegi. Þar stendur presturinn séra Arnór Þorláksson við kirkjudyr ásamt söfnuði sínum. Guðmundur Jónsson kennari á Hvanneyri stendur til hægri við hliðina á manninum með barnið í kirkjudyrunum. Um aðra á myndinni er ekki vitað lengur.
Þessi kirkja varð ekki langæ. Hún fauk í ofviðri sem gekk yfir landið hinn 14. nóvember 1902. Það veður var af suðaustan og olli miklu tjóni, m.a. tók kirkjuna í Saurbæ á Kjalarnesi alveg upp og sendist í loftinu nokkra faðma út fyrir kirkjugarðsgrindur og kirkjur í Keflavík og á Eyraybakka skekktust á grunni. Brúin sem þá var á Héraðsvötnum í Skagafirði fauk og mikið af skipum og bátum ýmist rak á land eða sukku, en manntjón varð ekki.
Nú var skarð fyrir skildi þar sem kirkjan var horfin af grunni. Fyrirhugað var að koma upp annari kirkju en þá hófst nokkur togstreita. Amtsráð suðuramtsins vildi láta söfnuðinn taka við henni, en Andkílingar vildu ekki ráðst í svo mikið fyrirtæki sem kirkjubygging var og varð ekkert af kirkjubyggingu um sinn. Þess má geta, að timburkirkjur þóttu þá dýrar, allt að 10 sinnum dýrari en kirkjur byggðar úr torfi og grjóti að gamla laginu.
Þá gerðist það, að skólahúsið á Hvanneyri brann 6. oktober 1903. Að sjálfsögðu þótti hin mesta nauðsyn að reisa nýtt skólahús í þess stað sem brann. Voru áætlanir um kirkjubyggingu lagðar til hliða á meðan og dróst fram á árið 1905. Enn og aftur komu fram hugmyndir um samsteypu kirknanna, en það rann út í sandinn sem fyrr.
Kirkjan sem nú stendur á Hvanneyri var vígð hinn 15. október 1905. Sá dagur er skv. almanakinu mánudagur og hefur prófasturinn Jón Sveinsson á Akranesi því væntanlega verið bundinn við messugjörð á heimakirkju sinni sunnudaginn 14. okt. Skv. lýsingu hans er kirkjan jafn stór þeirri eldri og nú er talið með eignum hennar: Orgel, hökull og rykkilín en allt annað eyðilagðist í foki gömlu kirkjunnar eða bruna skólahússins, en í skólahúsinu hefur vætnalega verið geymt sumt af búnaði kirkjunnar. Kaleikur er reyndar talin upp, en beyglaður eftir fokið.
Kirkjubyggingin kostaði kr. 4921,54. Upp í andvirði hennar komu kr. 580,00 sem fengust fyrir kirkjubrotin sem seld voru á uppboði og mun eitthvað af þeim enn vera við lýði á bæjum í sveitinni, a.m.k. gráðurnar sem eru nú notaðar sem handrið í stiga hússins inni á Innri-Skeljabrekku.
Kirkjuna teiknaði Rögnvaldur Ólafsson og tók 80 króna þóknun fyrir teikningu sína, en í sjóði kirkjunnar voru til kr. 1716,69.
Hinn 31. maí tl 2. júní 1908 fór fram afhending Hvanneyrarskóla af hálfu amtsins til Landsjóðs. Afhendingargjörðina af hálfu amtsráðsins gerðu auk skólastjóra, þeir Þórður hreppstjóri Guðmundsson á Hálsi og Jóhann Þorsteinson prófastur í Stafholti. Jón Hermannsson skrifstofustjóri var viðtakandi fyrir landssjóðs hönd.
Skólastofnunin með öllu tilheyrandi var metin í hendur landstjórnarinnar sem hér segir:
Hvanneyri með Kvígstöðumkr. 26.000,-
Hús kr. 40.381,-
Kirkjan kr. 5.000,-
Líklegt verður að telja, að kirkjan hafi verið lítil stafkirkja og hefur staðið í miðjum kirkjugarði svo sem venja var.
Annar máldagi er kirkjunni settur 100 árum seinna, eða 1358, af Gyrði biskupi Ívarssyni. Í honum kemur fram, að kirkjan hefur auðgast töluvert að fasteignum og búnaði á þeim 100 árum sem liðið hafa. Til hennar liggja 8 bæir og 20 greiða henni tíundir og lýsistolla. Biskup ákvarðar að við kirkjuna skuli starfa prestur sem hafi heimili á Hvanneyri. Kirkjan á orðið mikinn bókakost, messuklæði og skrúða ágætan, m.a kantarakápur. Þar er getið um klukkur fjórar og smábjöllur þrjár og þar er minnst á smelltan kross og aðra þrjá.
Smelltir krossar komu aðallega frá Frakklandi og e.t.v. er til á Þjóðminjasafni einmitt leyfar af þessum krossi frá miðöldum. Smellt merki af róðukrossi með mynd dýrðlings fannst á fyrri hluta síðustu aldar þegar gröf var tekin í kirkjugarðinum á Hvanneyri og er að líkindum úr gömlu miðaldakirkjunni.
Þegar fram liðu stundir sat prestur ekki á Hvanneyri heldur á einhverjum öðrum bæ í sókninni, venjulegast á Hesti sem var eign prestakallsins. Það var því svonefnt þingaprestakall - Hestþing. Prestur sat jafnan á Hesti og þar var kirkja fram til 1765 til afnota fyrir heimilisfólk. Þess eru dæmi að prestar í Hestþingum sátu í Bæ, aðrir í Þingnesi og á Bárustöðum. Þar sem presturinn hafði ekki afnot Hvanneyrarjarðarinnar fól það í sér, að hann var heldur ekki ábyrgðarmaður Hvanneyrarkirkju. Það var ábúandinn á Hvanneyrarjörðinni, kirkjubóndinn. Kirkjubyggingin og búnaður kirkjunnar var á hendi hans, enda hafði hann afnot af landi kirkjunnar og kúgildum.
Árið 1858 mun hafa verið endurreist kirkja á Hvanneyri og þótti þá hið vandaðasta hús. Til dæmis um það má vitna í prófastsvisitazíu frá 7. ágúst 1871, en þá var þar á ferð séra Þórarinn Kristjánsson í Reykholti og segir frá því, að í kirkjuna hafi verið settir 8 gluggar. Hann getur þess, að altaristaflan hæfi ekki svo fögru húsi og ríku. Ekki er vitað úr hvaða byggingarefni kirkjan var gjörð, en hún mun hafa verið máluð af Sæmundi bónda Gíslasyni í Þingnesi og Skarði. Ekki er ólóklegt að hún hafi verið áþekkt hús og kirkjan í Saurbæ á Hvalfjarðarströnd sem til er mynd af og birtist í ferðabók Makenzies.
Altaristafla sú sem pófasti þykir ekki hæfa hinni endurreistu Hvanneyrarkirkju var merkisgripur og þætti fengur í að eiga hana nú. Hún var að líkindum ensk að uppruna, gerð af alabastri, máluðu og giltu og vængir tveir sitt hvoru megin við hana sem lokuðu töflunni þegar ekki var messað. Varðveist hefur er lýsing á töflunni eftir séra Jón Backmann sem var prestur í Hestþingum 1812-1832 og sat á Bárustöðum. Hann segir altaristöfluna illa farna, sérstaklega vinstri væng hennar og hafi hún stór látið á sjá þegar kirkjan var endursmíðuð 1819.
[Altarisbrík Hólakirkju og aðrar úr brík Hvk áf Þjóðminjasafni 6 a-d]
Aðeins leyfar eru til á Þjóðmnjasafni af líkneskjum úr töflunni. Hugsanlega hefur taflan verið flutt úr landi skv. áeggjan Steingríms biskups.
Á árunum 1870 -1885 var nokkur hreyfing á því að leggja niður kirkjurnar á Hvanneyri og í Bæ og reisa þess í stað kirkju fyrir báðar sóknirnar á Hesti enda hafði þar löngum staðið kirkja. Þessi samsteypa fékk ekki hljómgrunn í sóknunum en varð sjálfsagt til þess að viðhaldi kirknanna var lítt sinnt á þessum árum og fór svo að þær voru báðar að hruni komnar. Sóknarbörn Bæjarkirkju tóku af skarið og reistu nýja kirkju sem vígð var annan jóladags 1888. Fyrir þetta frumkvæði Bæjarsveitunga fóru Hvanneyringar að hugsa sér til hreyfings, enda kirkja þeirra orðin hrörleg. Hún fékk þó að standa í kirkjugarðinum á meðan ný var reist úr timbri á hólnum vestan við kirkjugarðinn sem nefndur er Kirkjuhóll. Tók sú smíði tvö ár.
Nýja timburkirkjan var vígð á annan jóladag 1893. Fékk gamla kirkjan að standa á sínum stað í kirkjugarðinum enn um stund en var rifin niður sumarið 1896. Haustið eftir vígslu nýju kirkjunnar tekurt séra Guðmundur Helgason prófastur í Reykholti kirkjuna út og er ánægður með húsið, en finnur þó að því, að hvorki sé altaristafla né orgel í kirkjunni. Til er ljósmynd af þessari kirkju og mun vera elsta ljósmynd sem varðveist hefur frá Hvanneyri, tekin líklega 1896 eða 1897 á sumardegi. Þar stendur presturinn séra Arnór Þorláksson við kirkjudyr ásamt söfnuði sínum. Guðmundur Jónsson kennari á Hvanneyri stendur til hægri við hliðina á manninum með barnið í kirkjudyrunum. Um aðra á myndinni er ekki vitað lengur.
Þessi kirkja varð ekki langæ. Hún fauk í ofviðri sem gekk yfir landið hinn 14. nóvember 1902. Það veður var af suðaustan og olli miklu tjóni, m.a. tók kirkjuna í Saurbæ á Kjalarnesi alveg upp og sendist í loftinu nokkra faðma út fyrir kirkjugarðsgrindur og kirkjur í Keflavík og á Eyraybakka skekktust á grunni. Brúin sem þá var á Héraðsvötnum í Skagafirði fauk og mikið af skipum og bátum ýmist rak á land eða sukku, en manntjón varð ekki.
Nú var skarð fyrir skildi þar sem kirkjan var horfin af grunni. Fyrirhugað var að koma upp annari kirkju en þá hófst nokkur togstreita. Amtsráð suðuramtsins vildi láta söfnuðinn taka við henni, en Andkílingar vildu ekki ráðst í svo mikið fyrirtæki sem kirkjubygging var og varð ekkert af kirkjubyggingu um sinn. Þess má geta, að timburkirkjur þóttu þá dýrar, allt að 10 sinnum dýrari en kirkjur byggðar úr torfi og grjóti að gamla laginu.
Þá gerðist það, að skólahúsið á Hvanneyri brann 6. oktober 1903. Að sjálfsögðu þótti hin mesta nauðsyn að reisa nýtt skólahús í þess stað sem brann. Voru áætlanir um kirkjubyggingu lagðar til hliða á meðan og dróst fram á árið 1905. Enn og aftur komu fram hugmyndir um samsteypu kirknanna, en það rann út í sandinn sem fyrr.
Kirkjan sem nú stendur á Hvanneyri var vígð hinn 15. október 1905. Sá dagur er skv. almanakinu mánudagur og hefur prófasturinn Jón Sveinsson á Akranesi því væntanlega verið bundinn við messugjörð á heimakirkju sinni sunnudaginn 14. okt. Skv. lýsingu hans er kirkjan jafn stór þeirri eldri og nú er talið með eignum hennar: Orgel, hökull og rykkilín en allt annað eyðilagðist í foki gömlu kirkjunnar eða bruna skólahússins, en í skólahúsinu hefur vætnalega verið geymt sumt af búnaði kirkjunnar. Kaleikur er reyndar talin upp, en beyglaður eftir fokið.
Kirkjubyggingin kostaði kr. 4921,54. Upp í andvirði hennar komu kr. 580,00 sem fengust fyrir kirkjubrotin sem seld voru á uppboði og mun eitthvað af þeim enn vera við lýði á bæjum í sveitinni, a.m.k. gráðurnar sem eru nú notaðar sem handrið í stiga hússins inni á Innri-Skeljabrekku.
Kirkjuna teiknaði Rögnvaldur Ólafsson og tók 80 króna þóknun fyrir teikningu sína, en í sjóði kirkjunnar voru til kr. 1716,69.
Hinn 31. maí tl 2. júní 1908 fór fram afhending Hvanneyrarskóla af hálfu amtsins til Landsjóðs. Afhendingargjörðina af hálfu amtsráðsins gerðu auk skólastjóra, þeir Þórður hreppstjóri Guðmundsson á Hálsi og Jóhann Þorsteinson prófastur í Stafholti. Jón Hermannsson skrifstofustjóri var viðtakandi fyrir landssjóðs hönd.
Skólastofnunin með öllu tilheyrandi var metin í hendur landstjórnarinnar sem hér segir:
Hvanneyri með Kvígstöðumkr. 26.000,-
Hús kr. 40.381,-
Kirkjan kr. 5.000,-
